Negli ultimi tempi, grazie al perfezionamento dei mezzi di coltura, si può effettuare il trasferimento degli embrioni quando essi si trovano nello stadio di blastocisti. Il termine blastocisti si riferisce a una fase di sviluppo ben precisa dell’embrione, ossia quando esso è rimasto 5-6 giorni nel liquido di coltura. In sostanza si tratta dell’ultimo stadio di sviluppo dell’embrione prima che esso venga impiantato nell’endometrio per dare inizio alla gravidanza. La procedura di trasferimento delle blastocisti è la stessa del trasferimento degli embrioni, solo che ha luogo il 5º o 6º giorno dopo il prelievo degli ovociti. Questo metodo si applica alle coppie che hanno molti embrioni idonei al trasferimento. In questi casi si preferisce trasferire poche blastocisti, solamente una o due, in modo da evitare le gravidanze multiple senza però ridurre le probabilità di successo.
Trasferire gli embrioni nello stadio di blastocisti consente di selezionare gli embrioni di migliore qualità (i più sani, sviluppati e morfologicamente integri); infatti raggiungono questo stadio solo gli embrioni geneticamente sani ed in grado di essere impiantati. Inoltre, questa tecnica segue più fedelmente la procedura naturale di riproduzione e offre una migliore sincronia embrioni-endometrio. Se nessuno degli embrioni è sopravvissuto fino a questa fase, il trasferimento di embrioni non può avere luogo.